液相色谱仪分析中柱平衡慢的常见原因是组分在旧的或新的流动相中对柱吸附强度差异较大。要进行一种特殊的分析，或者从一种方法改为另一种方法，需要很长时间平衡。可考虑采用专用柱用于特殊的方法，不用时将柱拆下来，注满适当的溶剂或流动相，密封保管，不再做其它的分析。
　　1、胺改良剂
　　胺改良剂如三乙胺，通常加在反相或离子对流动相中，以减少样品中破性组分的拖尾。常用1mmol/L~10mmol/L的浓度，平衡时间较长。如果一开始就用高浓度的胺，可使柱很快达到平衡。
　　2、离子对试剂
　　季胺类离子对试剂，如四丁基铵离子（TBA）冲掉比较慢。用50~100倍柱体积的流动相通过柱后，酸性组分的保留仍然变化。的办法用中间洗液：含100mmol/L~200mmol/L缓冲液或盐的甲醇-水。显然，要去掉痕量的TBA，需用强流动相，加缓冲液是为了竞争在酸性硅酸基质上的TBA，产生离子交换作用。
　　从反相柱上洗去长链阴离子对试剂，非常慢，想要完全除去是不可能的，甚至用100%的甲醇也不行。分析阳离子溶质其保留一直不断漂移，一定要用长链离子对时，选用专用柱。
　　3、硅胶柱
　　用硅胶柱作正相分离，常发生保留突然改变，或增加或减少。其原因是流动相改变时相应的改变了水的含量，使硅胶柱的含水量变化。用水脱活，硅胶柱保留时间会减少很多。
　　4、四氢呋喃作流动相
　　在反相流动相中，加四氢呋喃（THF）不会影响到柱平衡。THF的性质类似于甲醇或乙腈，但对某些种类的样品也有偶然例外，如分离水溶性的维生素，从含THF变成无THF的流动相，约需半天时间才能使柱平衡，这也证实该效应对其它类别的样品的影响。